崇祯六年十一月初，救灾的国防军陆续撤出南京市区，南京的市民万人空巷，欢送国防军，场面热闹感人。南京有声望的士绅父老、致仕的官员们，联名上疏南京小朝廷，要求挽留国防军常驻南京。
可以想象，这种要求南京小朝廷的官员们即便同意也是不敢做主的，这可是捅到了崇祯皇帝的痛处。
国防军能得到这种评价，也是他们辛苦付出的结果。在维护秩序，清理街道、废墟，重建家园中他们付出了太多的辛苦，赢得了声望，获得民众的拥护也是理所当然的。
那么国防军能不能留在南京，等待、促进南京变法，走向宪政呢？朱万化的回答是：不行！如果这样做就降低了国防军的声誉，就会有人质疑国防军的救灾行动动机不纯。并且，南京虽然有了走向宪政的欲望，但是时机尚不成熟，还没有达到瓜熟蒂落的地步，还要继续等待。
所以一批一批的国防军在市民的夹道欢送中离开了南京城，返回了驻地。
......
在国防军救灾的过程中，为了不影响长江工程的进度，河道慈善会又增加工程款的投入50万两白银，对于南京的救灾也捐助支持了20万两白银。这些举动也为河道慈善会赢得了声誉。
南京小朝廷是丢分最多的，百姓们都看清了，朝廷不关心百姓的疾苦，不把长江水利工程当一回事。在整个南京动乱，直到后来的救灾中毫无作为，的确严重的失去了民心。
......
南京动乱的第二天，就是十月十二日，南京官府和国防军就都知道了军火工厂被劫的消息。这件事情不小，南京的兵部尚书吕维祺还亲自前往查验，询问经过。不但工厂设备、成品、原材料损失巨大，连工厂的雇员也被掠走不少，工厂短时间内是无法恢复生产了。
为此，南京兵部紧急联络国防军大都督府，商议恢复生产的措施。此时尚在南京救灾的第一师师长朱顺也曾前往视察，并招来浙江曙光基地的技术人员进行评估，做出恢复生产的计划。
大都督府通过对许都的审讯，也知道了河南李岩已经来到了南京，他已经投靠了老回回的猜测也落实了。劫持这批军火的就应该是李岩。于是朱万化命令朱顺派出多股侦查力量四处搜索李岩的下落，同时命令长江舰队加强长江的巡逻，对于过往的可疑船只要登船检查，务必不使这批军火过江。
在审讯许都的时候，让他写出他的全部部属名单，在名单中没有叫做朱万化这个名字的人。这就坐实了历史上，朱万化的名字出现在乱民名单中是有意的陷害。陷害的主谋，不是许都就是金华知县徐调元，二者必居其一，并且知县徐调元的嫌疑最大。因为许都在兵败的情况下，很难有从容的机会修改匪众的名单，故意加入朱万化的名字用来陷害朱万化，如果他有这个机会还不如销毁了名单更顺理成章。
事情清楚了，许都也就没有保留的必要了，判处死刑，枪毙完事。
李岩隐藏在荒岛上的策略是正确的，如果他冒险逃跑，过长江，那么刚好撞上朱万化加强长江巡逻的命令，凶多吉少。如果抢出军火的当天，在南京寻找位置，紧急过江。那么当时的南京正值战乱，长江上南京水域的巡逻船队必然密集，是很难混过去的。
来到这个荒岛上的第二天，李岩就觉得不妥，这里距离南京还是太近了，只有一百多里。并且从南京的南部出逃（聚宝门就是南京的南门），逃跑方向必然是向南。石臼湖正好在南边，所以这个石臼湖还是不能久留。
他手中的地图就太粗略了，不能提供更详细的信息，所以他当天就派出两伙斥候，架着小船，向西南方向的长江沿岸侦查，寻找更好的藏身之地。目的地最好是池州、安庆一带，那里的长江两岸都是山区，便于躲避，并且只要过了长江就是大别山。
李岩所在的荒岛上没有人烟，到处都是芦苇和树木，他们上岸时开辟一条通道都很艰难，因此也是极好的隐蔽之所。在岛的中部他们开辟出一块空地，作为宿营之地，好在是冬季，否则这里的蚊虫一定厉害，任何人都受不了的。
李岩取出一部分枪支和手榴弹，他准备利用这段闲暇的时间训练他手中的士兵，现在他的部队还有两百四十人，都是素质最好的骨干，他俘虏的工厂雇员就是很好的教练。只要枪不响，手榴弹不响怎么练都没问题，绝对暴露不了。
训练兵丁的同时，李岩也拿着这些武器在琢磨，他真的很惊叹朱家的技术，这么优良的武器是怎么造出来的？那枪管浑然一体，完全看不到人工打造的痕迹。于是，他找来工厂的技术雇员，向他们询问请教。
这些雇员不是朱家曙光基地的人员，但是他们中间有人去过曙光基地。这些人就按照自己的理解，介绍朱家的炼钢、轧钢和机加工。只听得李岩瞪着一双疑惑的眼睛，他实在是不敢相信。可也不能不信，现成的枪支就在手上，没有那些神奇的方法怎么能制造出来呢？
五天之后，出去探路的斥候回来了。这江南就是水网地带，驾着船，几乎没有去不了的地方。斥候们到达了安庆一带，这一路都没有大的城镇，如果分成几批，选择夜间行船，还是可以悄悄的过去的。当即李岩就决定，今夜就开拔，三十多条船分成三队，每日出发一队，行进时船只再分散一些。
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