周延儒的一通驳回论罪的话，让站在那里的大臣们一边听得心中紧张，一边不断的偷眼看皇帝，揣摩皇帝的态度。
这时，大学士吴宗达出班奏道：“陛下，臣以为周阁老（首辅的尊称）所议不当。我大明之卫所早已废弛，此乃众人皆知之事。当今各省之卫所兵还有几人能战，平定地方，边防征战多为招募之营兵或者民团。今年建省的辽宁，就没有卫所，有此例在先，为何要在台湾设立卫所？官制方面也可以仿照辽宁办理。因此微臣以为，朱万化有不当之处，并非全无道理。他们驱逐外虏，收复台湾，开疆扩土，有功于社稷。功劳尚且未叙，反而先论罪，臣以为不当。”
吴宗达的意见几乎完全站在了朱家一边，他不买首辅的账，出乎了一些大臣的意外，因为，他们看出皇帝是赞赏周延儒的。他的这些话是有道理的，不过朝堂上不是靠讲道理的。这些臣子们也开始担心起来，今天怕是不容易混过去了。
不过依周延儒的秉性吴大学士怕是干不长了。
兵部尚书梁廷栋为官多年，但他总是欠点火候，或者说太耿直了。听了吴宗达的话，他立刻来了精神。他上前一步说道：“陛下，朱家在浙江、山东、辽宁、河南都有民团、护卫队这一类的武装，人数最多的有几千人，少的几百人。三年前他们在遵化协助抗击后金，今年在辽宁收复失地，不断的与后金作战，每战必胜，使辽宁的地盘不断扩大。浙江、山东的匪患已经绝迹，地方平定。今年又出兵到河南剿匪，使河南从匪患不断到现在完全安定下来。纵观我大明的各路官军，可有这样的功绩？他们仿照辽宁之先例建立台湾军有何不可？这支军队只有一万人，并且无需朝廷的钱粮，同样能为朝廷驱使，这不是好事吗？他们可曾做过什么恶事？何罪之有？”
梁廷栋这话说的有点重了，在皇帝的眼里，为哪个臣子说几句好话倒是无所谓。但是，不听招呼的军队，名声口碑又这么好，这可是戳到了崇祯的痛处。忠于朝廷的军队声誉好，咱们万岁爷同志心中喜欢，不听招呼的军队声誉差，咱们万岁爷同志听着也舒畅，现在偏偏是不听招呼的军队声誉好，咱们的万岁爷同志心里能不别扭吗？崇祯满脸的恼怒已经无可掩饰，可是，还紧绷着嘴，没有说话。
朝堂上的大臣们都紧张起来，也暗暗的为梁廷栋捏了一把汗。
温体仁已经看明白的，现在正是表现的时候，于是他急急的出班奏道：“陛下，普天之下，莫非王土，率土之滨，莫非王臣，台湾岂能例外。依臣之见，应敕令五军都督府派出得力将军，经澎湖入台湾，在台南建立台南卫。”
看了地图之后他也知道了台湾地理的大概情况，因此，建议建立台南卫。
温体仁继续说：“百户以上军官应该由京营和福建就近抽调。卫所军户从台湾黎民中抽选，划拨耕地，建设墩台，设立卫所。以此平定台湾地方。为了防止不测，着令福建巡抚邹维漣、水军总兵郑芝龙出兵护送，驻守台南。并且令邹维漣巡抚福建和台湾两省。微臣以为此乃万全之策。”
明代的巡抚并非每个省设一个，例如，广东广西两个省就是一个巡抚。而山东一省就有两个巡抚。
崇祯听了，轻轻的嘘了一口气，脸色变得好了一些。形势已经逐渐分明，众大臣便纷纷出班启奏，附和周延儒、温体仁的意见。一时间风向就是一边倒了。吴宗达、梁廷栋也不敢再出声，也可能会后悔自己莽撞了？
户部尚书毕自严启奏：“陛下，微臣以为，澎湖原本归福建管辖，只是因为红毛人入侵作乱，赶走了那里的官吏（实际上在荷兰人占领澎湖之前，澎湖这个地方连官带兵统统算在一起不过十几个人）。所以台湾理应并入福建，设为台湾府，府城置于台南，在台南附近另外建设台南卫。为了抚慰浙江朱家，可以委任朱万化或者倪汝学为知府，其他官吏由福建委派。”
他的意见貌似和稀泥，有和平解决台湾问题，而不要激化矛盾的意思。但本质上还是站在周延儒一边。
毕自严有个弟弟叫毕自肃，是辽东最后一位巡抚。崇祯刚上台的没有多久，关宁军因为拖欠粮饷哗变，要知道，拖欠军饷和拖欠工钱是不一样的，不给工资，让你吃官司，不给军饷，就让你吃大刀。
哗变士兵绑了毕自肃作人质索要粮饷，毕自肃也亲自写信要他哥哥（任户部尚书，就是管钱粮的）拨付粮饷。亲兄弟的关系够铁的吧？愣是要不出钱来，原因就两个字，“没钱”。万般无奈之下，毕自肃自杀了！由此可见当时朝廷财政之窘迫。
......
历史上康熙年间收复台湾之后，仅仅设为归属福建的一个县，就是台湾县。
吏部尚书闵洪学乃温体仁的死党，这时也不甘落后，出班奏道：“陛下，臣以为通缉朱万化有所不当。一是他远在台湾，朝廷力所不及（这话说的对，逮不着）。二是，他对于朝廷还算有些微末之功（小小的功劳），将功折罪也是朝廷对他的恩典。但是，完全不处罚就无法警示后人，成为一个恶劣的开端，岂不是人人都可以目无君主了，天子之威严何在？所以微臣以为，应罢免朱大典山东巡抚之职，令其进京面君，当面申斥，如有不从亦可下狱论罪。”
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