阿古柏不是中国人，这位大仙是浩罕汗国的人，所以他得算是外来入侵者。比较古怪的是，他这个入侵者不是主动来的中国，而是被人给请进来的。要说清他是怎么来的，可不容易，得倒回到乾隆年间。
新疆这块土地，在汉朝的时候就归入了中国，之后时而统一在大家庭之内，时而流落在外。当地也曾是汉人富饶昌盛的家园，但是随着中原王朝的分分合合，渐渐就彻底阿拉伯化了。等到大清入主中原并开始平定天下的时候，新疆已经形成了许多的教派领主，并且被准格尔收服。
到了乾隆年间，大清历经三代帝王，终于搞定了烦人的准格尔，顺便解放了在伊犁当人质的大小和卓兄弟。结果这次人质解救行动的后果非常恶劣，因为对于大小和卓兄弟来说，大清可不是他们的解放者，而同样是一群侵略者。大小和卓兄弟当人质虽然很憋屈，但是他们想要的可不只是自由。为了建立自己独立的国家，大小和卓兄弟一得了自由，便开始纠合势力，准备武装反清。他们虽然扇呼起来了不少的各地城主，但是面对强势的清军，他们也只有死路一条。
大小和卓的叛乱被轻易平定了，但是大清并没有做到斩草除根。大和卓的儿子萨木克，在大、小和卓灭亡后出逃葱岭西边的浩罕国，大清没有穷追不舍，只是每年拿一万两白银，让浩罕国国王代为监视萨木克。萨木克到是没给大清添乱，不过他为自己的父亲，生了一个好孙子出来，就是同样很善于折腾的张格尔。
张格尔野心勃勃，时刻梦想在南疆恢复和卓家族的统治，建立独立国家，为此以诵经祈福传食部落。张格尔继承祖宗遗志，一定要搞独立国家，为此还真没少努力。早年曾在英国控制的阿富汗首都喀布尔留过学，接受英国人的顾问、训练和武器。
张格尔在英、俄及浩罕汗国的支持下，潜入南疆发动叛乱，从嘉庆二十五年，一直捣乱到道光十一年。道光六年的一次叛乱规模最大，张格尔率浩罕、布鲁特五百余人，窜回喀什噶尔附近，以礼拜其祖先玛杂坟墓为名，利用南疆各族部民的宗教情绪，集众万余人发动叛乱。先后攻占喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和田等城，自称赛义德张格尔苏丹，准备独立搞个斯坦。清政府命伊犁将军长龄调集吉林、黑龙江、陕西、甘肃、四川清军万余人，会师于阿克苏，组织全面进攻，相继收复喀什噶尔等城。道光八年初，张格尔逃至喀尔铁盖山被清军擒获，解至北京处死，叛乱平定。张格尔这次闹腾，除了赔上自己一条命，让许多无辜的官兵战死沙场之外，还让浩罕汗国占了大便宜。
浩罕汗国是中亚的大国，实力比较雄厚，虽然也拜过大清皇帝这个区域大哥，但是底下的小动作一直就没有停过。浩罕汗国保持着对清朝的朝贡，同时与俄罗斯也确定了贸易关系，从而打通了东西方的贸易路线，获得了大量的经济利益。因为其与清朝的关系愈加紧密，浩罕商人垄断了新疆的进出口贸易，使得浩罕汗国成为了中亚最大的贸易国。当时中亚市场上流通的金银装饰物，武器甚至日用品都是由浩罕汗国所垄断。除此之外，从中国出口到西方的茶叶，丝绸，陶瓷器等等，也都要通过浩罕汗国。伴随着经济的增长，浩罕汗国也摆脱了处于边境地区荒芜的面貌，加速了社会基本设施的建设，逐渐成为了该地区军事宗教商业的中心。
混的壮了，自然就想把地盘做的大一点，浩罕汗国把目光投向了大清的口袋里的喀什地区。找大哥单练浩罕汗国还没这个勇气，但是玩点损的他们还是敢的，比如支持新疆地区的同教兄弟叛乱。浩罕一直支持新疆地区的同教兄弟反抗清廷统治，之前就拒绝引渡大和卓之子萨木克，并在英国支持下为萨木克策划复国。萨木克死后，穆罕默德阿里汗又支持大和卓的孙子张格尔入疆建立赛义德张格尔苏丹国，并出兵叶尔羌地区。
张格尔之乱引发了几十年未遇的新疆大规模叛乱，起初清朝毅然与浩罕汗国断交，但是这次大叛乱也给清朝在新疆的统治带来了很大打击，使得清政府不得不考虑与浩罕汗国相妥协。道光十年，清朝与浩罕汗国议和，同意了浩罕汗国向新疆六城地区派遣长老，行使领事特权的要求。通过派遣长老，浩罕汗国可以一面保护浩罕商人在新疆的利益，同时直接对浩罕商人征税，从而保证浩罕汗国垄断在六城地区的贸易利益。但是浩罕汗国还是没有放弃其对喀什地区的野心，时常支持和卓族人的复国行动，介入新疆事务。
大清与浩罕汗国在新疆的纷争，很难说的清楚，因为大清认为这是国与国之间的政治问题，浩罕汗国却认为这是他们的宗教事务。也不止是浩罕汗国，几乎整个阿拉伯世界都这么认为，只要是的事，他们就管得着。虽然后来大清也接受了浩罕汗国的想法，但是大清的做法却二到了极点，同意外国人管理本国宗教事务，完全是自己给自己找不自在。这次西北回乱，便成了不自在凸显的契机，大清还只是遇到了烦，浩罕汗国则把自己给坑死了。
西北一乱，新疆也就跟着乱了起来，不过前期一直是各大领主内部掐来掐去，没想到掐架吃亏了的喀什回部首领柯尔克孜伯克司迪尔，派人去浩罕汗国叫帮手了。这帮大哥可没有国界的概念，对于他们来说，大清这边都是可恶的异教徒，葱岭西边那些人才是和他们一个信仰的自己人。所以浩罕汗国的外国人阿古柏，护送着张格尔的儿子布素鲁克，又回到了新疆。回来的第一件事，就是把请他们来的司迪尔给赶出了新疆。
本来阿古柏还得几年才能凭借英国人援助的武器，完成对新疆的全面侵略，建立自己的汗国，顺便坑死浩罕汗国，但是果兴阿与俄国的激战改变了他的命运。
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