贞观十二年三月末，初夏。
李世民宣布诏命，除李业诩守兵部尚书职，领兵部左侍郎职，以并州都督李世勣为兵部尚书，并进行兵部机构和职权的变动。
暂时以兵部为大唐的最高军事机关，掌管全国各卫军军籍、军官选拔、军训讲武、兵防、情报、武器制作、马政、舟桥之务。
全国军队之征讨、镇戍、训练等皆听命于兵部，遇有战事，兵部奉皇帝旨意调军，任命行军大总管和总管，发给印信，率领调发的军队出征；战争结束，领兵官缴印于朝，官军各回驻防地。
兵部设尚书一名，正三品职，左、中、右侍郎三名，左侍郎为从三品职，中、右侍郎为正四品上职。下设七个部门，一为新设的参谋司，二为兵部司，三为军器监，四为情报司，五曰职方司，六曰驾部司，七曰库部司。
参谋部掌全国兵马调遣，包括兵马的补充和屯防，更重要的是战时进行战事的布置。参谋司人员组成不固定，日常由两名郎中，两名员外郎及四名主事处置事务，若在战时，参谋部组成人员可包括朝中任何重要官员，也就是说，在战时，参谋司将是战争的最高决策机构。这是李业诩原本计划的统帅部或者参谋部的一个精简机构，李世民不愿再另设一个庞大的军事机构，这是折中之举。
兵部司掌兵马名帐，武官阶品评定及选授，全国军队的名录由其登录，四品以下、郎将职以下中下级军官的选授，皆由其负责，有郎中两人，员外郎两人，给事中四人。
军器监负责军中武器、器械等的研制、开发和生产，设大匠一名，少匠两名，丞两名，下设火器署、弩坊署、甲坊署、都水监等部，各有署、令若干，在长安及洛阳等设有多处作坊，所部人员为兵部中最多。
情报司掌管天下情报之事，改设郎中一人，员外郎两人，此乃兵部中最神秘机构，官员任命、组成及运作情况皆不对公布。
职方司掌管军中地图绘制及国防设施包括各地城池的建议，有郎中一人，员外郎一人。
驾部司掌管天下马政，及驿政事务，设郎中一人，员外郎一人。
库部司掌管军器监所产武器的发放，有郎中一人，员外郎一人。
同时朝廷又发布诏令，进行军制的改革，全面推行募兵制，逐步建立以募兵所得常备军为基础的大唐武装力量。
以道为基础，在全国范围内，进行大型军卫的设置和筹建，设立卫军和州军，按地域，在一道内设置一个卫军或者几个，也可能是几道内设置一个卫军。卫军为大唐主要的武装力量，是对外征战中主战力量；州兵负责维持地方治安。
在卫军建立后，各都督府的边军也都归入卫军中，卫军的职能有些相当于后世的军区和集团军的结合物。
暂时保留府兵，还是由原先除左右卫的其他各卫遥领之，也作为募兵的兵源，军中的募集的兵员在服役一定时间，退役后也编入府兵中。
待军制改革完成后，府兵将由各州县领之，名称也将随之修改。
长安及皇城的守卫任务也进行重大的变动，组建左右羽林卫，每卫各辖一万人，从朝中五品以上官员子孙中募集，作为长安城内守卫皇宫的禁军，负责皇帝的宿卫和仪仗任务，复召襄州都督、鄂国公尉迟恭为左羽林卫大将军，郢国公宇文士及为右羽林卫大将军。
同时筹建左右监门卫，各八千人，掌长安诸门禁卫，作为维护城内治安的力量，以夔国公刘弘基为左监门卫大将军，卢国公程知节为右监门卫大将军。
军制改革初始阶段最重要的是扩充左卫、右卫，还有特卫的人数，以这三卫为京军，平时宿卫京师，战时为征战的主力，其他各卫为边军。
以特卫军为第一卫军，所辖五师，番号分别为第一至第五近卫师，右卫军为第二卫军，同样辖五师，番号从近卫六师到十师，左卫军为第三卫军，辖五师，番号从十一至十五!
特卫和左、卫的称号也仍然保留着。
第四卫军将设置在青海，以李大亮所部作为基础，其名为西海卫军，第五卫军驻地为灵州，面对薛延陀方向，这两军争取在明年组建完成，第六到第十卫军也将在随后的几年内开始筹建，第五至第十军卫名称暂时还是以原十二卫中左右骁卫、左右武卫、左右威卫命名。
每卫军设大将军两名，各以正副职任之，每卫设置如下：十二人为一伙，设伙长一人，副伙长一人；五伙为一队，共六十人，设队正一名，副队正一名；五队为一营，每营共三百人，设校尉两人，以正副领之；五营为一团，共一千五百人，设中郎将一名，左右郎将各一名；五团为一师，每师另设一火器营，人员编制为五百人，共计八千人，将军一名，左右中郎将两名以副职任之；五师为一卫军。
各卫军大将军为正三品衔，将军为从三品，中郎将为正四品下，郎将正五品上，校尉正六品上，队正正七品上，副队正正七品下
每卫军另设长史一人，从六品上，掌判诸曹、军团之名数，器械、车马之多少。
各师设录事参军事两人，掌军中事务记录；仓曹参军事三人，掌管各师辎重、器械、医药之事；兵曹参军事三人，行军法官之职；骑曹参军事两人，掌管军中马匹；胄曹参军事两人，掌管甲胄；另再一个侍卫队，负责保护中军和帅帐。
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